De nombreux sites incas sont construits sur des villes plus anciennes (Cajamarca) ou simplement ils modifient des sites existants en y ajoutant des nouveautés ( ville cérémonielle de Pachacamac).On trouve aussi dans la sierra, des édifices (masmas) où il manque quasiment le mur de façade et semble servir à des activités diurnes.

A travers les sites, on peut voir l'évolution de l'architecture. Les plus vieilles constructions ont des murs faits de pierres brutes non taillées et maintenues entre elles grâce à de l'argile. Elles sont courantes dans les civilisations qui précèdent et pendant les premiers temps de l'empire. Ensuite, on voit apparaître un style plus travaillé où les murs des maisons importantes ou des forteresses sont composés de blocs polygonaux parfaitement ajustés entre eux. Cet ajustement est obtenu par des essais successifs pour se faire correspondre les blocs irréguliers et par le travail sur les arêtes de ces pierres notamment par le frottement des pierres entre elles. On place la pierre, on la retire et on l'ajuste et ce, autant de fois qu'il est nécessaire pour que le bloc s'intègre parfaitement aux autres comme dans un énorme puzzle. On voit des exemples de ces constructions sous l'Inca Rocca avec son palais au centre de Cuzco, le collège (yachahuasi) ou encore dans certaine partie du site Sacsahuaman mais alors dans un style beaucoup plus mégalithique. C'est sous Pachacutec, Topac Yupanqui et Huayna Capac que l'on utilise des pierres rectangulaires à nouveau ajustés avec le plus grand soin.

Les portes sont en général étroite et ont la forme d'un triangle dont on a coupé le sommet. Elles sont munies d'un linteau en pierre ou en bois. D'autres ouvertures font office de fenêtre quand il y en a. Elles sont souvent petites et placées en hauteur de sorte que la lumière et l'air y pénètre peu. La pièce intérieur est donc sombre et humide. Cependant les murs intérieurs étaient recouverts d'un enduit clair ce qui éclairait déjà la pièce. Il n'y avait pas pour autant de peintures murales ou de décorations sur ceux-ci. Le mobilier était rare et assez élémentaire: quelques chaises basses, quelques caisses posées à même le sol, un lit de bambou ou en bois recouvert d'un tissu. On trouvait par contre dans ses maisons de nobles des vases, des coupes,...en or ou argent massif, des céramiques et ces objets sont disposés par terre ou dans les niches trapézoïdales creusés dans les murs ( fin de l'empire Inca). Certains murs intérieurs pouvaient parfois être recouvert de feuilles d'or ou d'argent. Des tissus pouvaient être placés devant l'ouverture des portes. Le sol de terre battue étaient recouverts de peaux de lamas, de vigognes ou d'autres animaux. Les palais Incas se composaient d'une multitude de bâtiments s'ouvrant sur une cour intérieure fleurie, munie d'arbustes et décorée de céramiques peintes ou d'ustensils d'or et d'argent.