Il subsiste peu de témoignages de la première période: une quarantaine de tablettes, des statues d’orant de facture sumérienne, un pectoral (aigle à tête de lion). 

   Vers 2400 a.C., Mari déclina et fut soumise à Ebla avant que les deux capitales ne soient conquises par Sargon d’Akkad vers 2300. A la chute de l ’empire d’Akkad, vers 2150, les gouverneurs se proclamèrent indépendants et fondèrent la dynastie des Shakkanaku qui régna jusqu’au début du 2ème millénaire. C’est eux qui bâtirent un nouveau palais ainsi que des temples (temple aux lions). Une période de troubles s’ouvrit  avec les invasions des Amorites; une des tribus amorites s’établit à Mari et fonda vers 1850 av. JC. la dynastie des Lim. Avec eux, Mari devient avec Alep et Babylone une des trois puissances majeures de l'Orient en ce début du 2ème millénaire.

   Le palais des Lim fut découvert en 1935 par A.Parrot. Il comprend plus de 300 pièces et cours intérieures protégées par des murs qui atteignent encore une hauteur de 4 m par endroits. Dans ces salles furent découvertes notamment la statue d’Ishtup Ilum et celle de la déesse au vase jaillissant. Près de 15.000 tablettes ont été mises au jour: elles datent pour la plupart du règne de Zimri Lim (1780-1759), le dernier roi de Mari. En 1759, Hammourabi, roi de Babylone, qui fut un temps l’allié de Zimri Lim, prit Mari, la pilla et l’incendia. En s’écroulant, les murs protégèrent les niveaux inférieurs du palais et les sauvegardèrent pour les archéologues du 20ème siècle.