En 350, une ville nouvelle fut créée à son emplacement actuel. Avec l'or du Pactole, Alexandre le Grand y construisit le temple d'Athéna. La ville fut construite suivant un plan à damier par Hippodamos de Milet. Orientées suivant les points cardinaux, les rues se coupent à angle droit. L'acropole sur le mont Mycale domine la cité. 

En 277, la région fut ravagée par les Gaulois. Après avoir appartenu aux séleucides puis aux attalides de Pergame, Priène devient romaine en 129, puis byzantine. L'éloignement progressif de la mer suite à l'ensablement du Méandre, transforme peu à peu Priène en une petite bourgade sans importance.